航空科学基金管理工作流程主要包括：指南编制和发布、申请项目受理与评审、项目过程管理、结题验收、成果推广与应用。具体如下：
指南编制和发布
航空科学基金项目指南以装备预研航空工业联合基金规划和航空科学基金发展规划为指导，每年2-4 月开展指南的研究、编制及发布工作。
申请项目受理与评审
项目申报与受理：项目申报单位根据基金办确定的限类限项数进行项目申报，基金办每年集中受理申报项目一次。
项目评审：基金办组织对所受理的申请项目进行初步审查、通讯评审、组织会议评审并拟定资助方案。
项目审定与发布：资助方案经报航空工业集团主管部门审定批复后发布。
项目过程管理
经基金办审核过的项目由项目依托单位在规定时间内将纸质版项目申请书签字、盖章并报送基金办。
基金办依据资助方案批复组织签订合同。
项目依托单位严格按照合同书约定的研究内容和进度计划组织实施。
项目依托单位负责监督、检查项目实施情况，审核项目年度进展报告，并于每年12 月31 日前统一将年度进展报告电子版报送基金办。
结题验收
项目完成后，项目负责人应按照验收要求，提交相关资料的电子版，并于每年12 月31 日前将结题材料统一报送基金办。
基金办负责组织项目验收，项目验收采用会议集中验收方式。
项目依托单位对结题项目的文档资料进行整理归档，基金办需要档案资料时可随时调用。实验室类项目的归档资料必须另行向实验室提交一套(含电子版与纸质文件)。
成果推广与应用
基金办对基金项目研究成果进行汇总整理，定期向航空工业提供项目研究成果清单。
基金办组织项目负责人和相应航空工业单位沟通交流，推进项目成果推广和转化应用。
验收时被评为优秀的项目会纳入优秀项目库重点推广，并根据研究需求进行优先再资助。
注意事项
项目申请时，每个项目的申请负责人限为1 人，须具备以下基本条件：
申请负责人是项目的实际负责人，有足够的时间和精力从事所申报项目的研究；
申请负责人是申报单位正式在职人员，具有中级(含)以上技术职称或博士学位；
申请负责人当年的1 月1 日未满50 周岁；
申请青年基金项目的负责人当年的1 月1 日未满35 周岁；
同一年度，每个申请负责人申请及在研的航空科学基金项目总数不超过1 项。
项目研究过程中，涉及研究内容、研究周期以及负责人等变动时，须经项目依托单位提出书面调整申请，报基金办审批。实验室类项目需由实验室出具同意意见后报基金办审批。研究周期原则上最多可延长一年。
项目依托单位对结题项目的文档资料进行整理归档，基金办需要档案资料时可随时调用。实验室类项目的归档资料必须另行向实验室提交一套(含电子版与纸质文件)。归档资料包括:项目研究工作总结和国防报告，发表的论文、论著清单，研究过程中产生的报告和图样，软件，试验(含仿真试验)报告和试验数据，成果及专利证书复印件，以及其他相关资料等。
项目所涉及的研究内容及项目申请书、进展报告、技术报告、工作总结等所有上报材料均不得涉及国家秘密和单位内部敏感信息，密级为公开。
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